Page 53 - 南京医科大学自然版
P. 53
第45卷第6期 戈艳蕾,孙思怡,任泓沁,等. scRNA⁃seq和Bulk RNA⁃seq联合分析揭示MTRNR2L1介导COPD进展中
2025年6月 PANoptosis下调[J]. 南京医科大学学报(自然科学版),2025,45(6):786-797 ·791 ·
表1 PANoptosis相关基因富集分析结果
Table 1 GO enrichment analysis findings pertaining to PANoptosis
Data Gene ID
GO:0070269(pyroptosis) TREM2
GO:1904019(epithelial cell apoptotic process) H19/BOK
GO:0034612(response to tumor necrosis factor) CCL24/CALCA/GBP3/POSTN/ADAMTS12/VCAM1
GO:0006925(inflammatory cell apoptotic process) SLC7A11
组成可视化(图3A)。鉴于DEG 主要集中在与免疫 胞、内皮细胞、上皮细胞、成纤维细胞、单核细胞和
反应相关的过程中,故对各样本中免疫细胞组成进 NK 细胞(图 3D)。结果发现 COPD 组中 CD8 T 细
+
+
行对比分析。结果发现COPD 患者肺组织中CD8 T 胞占比显著低于对照组(P < 0.05),与 Bulk RNA⁃seq
+
细胞的比例显著低于对照组(P < 0.05,图 3B);而 T 分析的结果一致。CD8 T 细胞水平显著减少,表明
细胞、NK 细胞、中性粒细胞、B 细胞、单核细胞的比 存在异常免疫反应,提示 CD8 T 细胞参与的免疫反
+
例在两组中未见明显异常(P均> 0.05)。 应可能与 COPD 发生有关。
采用 UMAP 算法对两组样本中的细胞进行聚 2.3 COPD患者肺组织MTRNR2L1表达增加
类分析,共鉴定出 10 个细胞亚群(图3C),基于细胞 Bulk RNA⁃seq 和scRNA⁃seq数据分析结果均显
中基因表达模式,分析不同细胞类型中标志基因, 示 COPD 患者肺部病变中免疫细胞浸润显著,表明
采用 SingleR 对各类细胞亚群进行细胞类型注释, 其免疫反应的潜在改变。为了证实上述测序数据
共鉴定出 7 种细胞类型,分别是 B 细胞、CD8 T 细 分析结果,对不同样本中 CD8 T 细胞、单核细胞和
+
+
A Group C Control COPD
Group 4
Control Count
B cell COPD
Monocyte 2 10 0
1
Macrophage/monocyte 2
0 3
Myeloid dendritic cell 0 4
NK cell -2 UMAP_2 5
T cell 6
7
T cell CD8 + -4 8
-10
cytotoxicity soore 9
Cancer associaled fibroblast
Neutrophil
-15 -10 -5 0 5 10 -15 -10 -5 0 5 10
Endothelial cell UMAP_1
B D
T cell CD8 + T cell NK cell B cell Fibrolasts
7.5 CD8 T cell Monocytes
+
Endothelial cells NK cells
60 40
Wilcoxon,P=0.029 Wilcoxon,P=0.066 5.0 Wilcoxon,P=0.330 Epithelial cells
40 100
20 2.5
20 75
0 0 0.0
50
COPD Control COPD Control COPD Control
25
Neutrophil B cell Monocyte
250 0
600
40 Wilcoxon,P=0.052 200 Control COPD
Wilcoxon,P=0.730 Wilcoxon,P=0.26
400 30 150
20 100
200
10 50
0 0 0
COPD Control COPD Control COPD Control
A:Heat map of immune cell composition in each sample. B:Violin chart of proportion of some immune cells in figure A. C:Cell annotation results
for the COPD group and the control group. D:Proportions of different cell types in the COPD group(n=6)and the control group(n=15).
图3 COPD患者肺免疫细胞浸润的改变
Figure 3 Altered pulmonary immune cell infiltration in COPD patients

