Page 34 - 南京医科大学自然版
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第44卷第6期
               ·770 ·                            南 京    医 科 大 学 学         报                        2024年6月


              生存率，但由于复发、转移和化疗耐药性，患者的总                           从 基 因 型 ⁃ 组 织 表 达（genotype ⁃ tissue expression，
                               ［3］
              体生存率仍然较低 。细胞干性的定义为细胞具有                            GTEx）数据库中获取的174例正常胃组织样本。为
              自我更新和从起源细胞分化的潜力。癌症的进展                             了进一步验证，从 GEO 数据库获取了 GSE66229 数
                                                         ［4］
              伴随着干性特征的获得和分化特征的逐渐消失 。                            据集（由 GSE62254 和 GSE66222 组成），其中包括
              先前研究表明，具有更高干性特征的肿瘤更容易发                            100个正常样本和300个肿瘤样本。
              生转移和引起化疗耐药性，从而导致预后不良                      ［5-6］ 。  1.2.2 生物信息学分析
              因此，在 GC 细胞中找到与干性相关的基因对治疗                               通过R软件包“sva”中的ComBat方法去除批次效
              GC是有帮助的。                                          应。使用“limma”软件包确定DEG。使用“WGCNA”

                  曾有研究使用了一类逻辑回归（one⁃class logis⁃                软件包进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）。
              tic regression，OCLR）算法将基于mRNA表达水平的                使用“clusterProfiler”软件包进行基因本体（GO）富集
              干性指数（mRNA expression⁃based stemness index，        分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通
              mRNAsi）用来描述肿瘤干性特征 。此后，在膀胱                         路注释分析。
                                            ［7］
              癌、肺腺癌和乳腺癌中发现了许多与干性特征相关                            1.2.3 TCEAL7表达模型构建
              的基因和信号通路         ［8-10］ 。还有研究表明，mRNAsi相                采用LASSO回归和Cox回归分析进行预后基因
              关基因在低级别胶质瘤、胶质母细胞瘤、肝细胞癌和                           的生存分析。使用 R 软件包“rms”构建列线图。通
              GC的风险分类和预后预测中具有重要作用                   ［11-14］ 。然  过 C 指数和 AUC 来评估模型的区分能力和校准能
              而，所有这些研究都集中于识别 mRNAsi 相关的预                        力。使用“survIDINRI”软件包比较模型的准确性和
              后基因上，缺乏功能实验探索。                                    区分能力。
                  作为转录延伸因子 A 样基因家族的一员，                          1.2.4 临床标本
              TCEAL7被报道通过负调控NF⁃κB通路抑制卵巢癌                             5对胃癌和邻近正常组织样本均采集自南京医
              的发展   ［15-16］ 。然而，目前还没有研究报道 TCEAL7                科大学第一附属医院。在使用前，样本在液氮中冷
              与GC干性特征之间的关系。                                     冻保存。该研究得到了南京医科大学第一附属医
                  本研究通过基于TCGA数据库和GEO数据库中                        院伦理委员会的批准（2020⁃SR⁃383）。所有患者均
              的 GSE66229 数 据 集 的 生 物 信 息 学 分 析 ，确 定             签署了知情同意书。
              TCEAL7 为 GC 中与 mRNAsi 相关的预后标志物，并                  1.2.5 细胞培养和转染
              进行了细胞和组织层面实验以验证TCEAL7的表达                               细胞在 37 ℃、5%CO2 的环境中培养。使用
              并探索其在GC中的功能。                                      RPMI 1640培养基，培养基中添加了1%青霉素和链
                                                                霉素以及 10%胎牛血清。构建 TCEAL7 过表达质
              1  材料和方法
                                                                粒。使用Lipofectamine 2000转染质粒到细胞中。
              1.1  材料                                           1.2.6 RNA提取和实时荧光定量PCR（qRT⁃PCR）
                  正常胃上皮细胞系 GES⁃1 和胃癌细胞系（AGS                          总RNA采用TRIzol进行提取。使用PrimeScript
                                                                                                    ®
              和 HGC ⁃ 27）购 自 美 国 ATCC。 APC ⁃ CD44 和 PE ⁃        RT 试剂盒合成 cDNA。使用 TB Green Premix Ex
                                                                   TM
              CD24 流式抗体（BD Biosciences 公司，美国）；Lipo⁃             Taq 进 行 qRT ⁃ PCR 以 检 测 TCEAL7 表 达 水 平 。
              fectamine 2000（Invitrogen 公司，美国）；TRIzol（Invit⁃    mRNA 水平通过 GAPDH 作为内参进行标准化。
              rogen 公 司 ，美 国 ）；PrimeScript RT 试 剂 盒 、TB         TCEAL7 上 游 引 物 ：5′ ⁃ GAAAAACGCCCGTATG⁃
                                   TM
                   ®  Premix Ex Taq （TaKaRa 公 司 ，日 本 ）；
              Green                                             GAGAA ⁃ 3′ ，下 游 引 物 ：5′ ⁃ GCAGCCTCTGTCTA⁃
              TCEAL7 免疫组化抗体（1∶20，上海碧云天；表皮生                      AAATTCCCT⁃3′；GAPDH 上游引物：5′⁃GGAGTC⁃
              长因子、碱性成纤维细胞生长因子和 B⁃27（Invitro⁃                    CACTGGCGTCTTCA ⁃ 3′ ，下 游 引 物 ：5′ ⁃ GTCAT⁃
              gen公司，美国）。                                        GAGTCCTTCCACGATACC⁃3′。采用 2        -ΔΔCt  法计算目

              1.2  方法                                           的基因mRNA的相对表达量。
              1.2.1 数据收集                                        1.2.7 免疫组织化学
                  从 TCGA 数据库下载 RNA⁃seq 数据，用于差异                       所有组织样本用 4%多聚甲醛固定，石蜡包
              表达基因（differentially expressed gene，DEG）分析，        埋。切片厚度为 4 μm。使用 TCEAL7 抗体染色后，
              包括375例胃腺癌样本和32例对照组织样本，以及                          获取图像并进一步分析。
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