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第44卷第6期 刘嘉浩,钱海声,高 欣,等. 基于生物信息学分析干性相关基因TCEAL7作为胃癌预后
2024年6月 标志物的研究[J]. 南京医科大学学报(自然科学版),2024,44(6):769-780 ·773 ·
A KEGG pathway C 23 17 14 11 1 1
Endocrine and other factor⁃regulated calcium reabsorption
Mineral absorption
Carbohydrate digestion and absorption -lg P 0.4
Aldosterone⁃regulated sodium reabsorption 0.2
Proximal tubule blcarbonate reclamation 4 Coefficients
Vascular smooth muscle contraction 3 0.0
Thyroid hormone signaling pathway
Oocyte meiosis 2
Dilated cardiomyopathy -0.2
Gastric acid secretion -8 -7 -6 -5 -4 -3
Thyroid hormone synthesis Gene counts log(λ)
Bile secretion 2
cAMP signaling pathway 3 D 232322 17161414116 3 1 1 1 1 1
Pancreatic secretion 1 12.2
Salivary secretion 5
Adrenergic signaling in cardiomyocytes 6 12.0
Insulin secretion
cGMP⁃PKG signaling pathway Partial likelihood deviance 11.8
4 6 8 10 12
Rich factor 11.6
11.4
-8 -7 -6 -5 -4 -3
log(λ)
B GO
Ion trans membrane transpory
Muscle contraction
Locomotory behavior
Sodium ion transport
Regulation of heart contraction BP
Regulabion of cardiac muscle contraction by regutation of the release of sequestered catcium ion
Cellular potassium ion homeostasis Counts
Potassium ion transport 2.0
Regutation of cardiac conduction
2.5
Sarcoplasmic reticulum membrane 3.0
Dystrophin⁃associated gtycoprotein complex
Sodium potassium⁃exchanging ATPase complex 3.5
Junctional sarcoplasmic reticulum membrane 4.0
Junctional membrane complex CC
Actin cytoskeleton -lg P
Myelin sheath 3.5
Witage⁃gated potassium channel complex 3.0
Z disc
2.5
Steroid binding 2.0
Satcium⁃activated potassium channel activity 1.5
Sodium:potassium⁃exchanging ATPase activiity
Transcriptional activator activity,RNA polymerase Ⅱ core promoter proximal region seouence⁃specific binding MF
Heparin binding
ATPase binding
4 5 6 7 8
Rich factor
A,B:Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)signaling pathways analysis(A)and gene ontology(GO)enrichment analysis(B). C,D:
The plots of coefficients(C)and partial likelihood deviance(D)showed that TCEAL7 was selected to be the optimal gene related to survival. BP:Biolog⁃
ical process;CC:Cellular component;MF:Molecular function.
图4 富集分析和LASSO回归分析
Figure 4 Enrichment analysis and LASSO regression
瘤类型中,TCEAL7 的表达都较低(图 6A)。然而, AUC分别为0.704、0.689和0.755(图7D)。此外,3年
单变量 Cox 回归分析显示 TCEAL7 是胃腺癌、胶质 和 5 年 OS 的校准曲线显示模型拟合良好(图 7E、
瘤、膀胱癌、黑色素瘤和肾上腺皮质癌等的危险因 F)。接下来,构建了另外两个 Cox 模型来进一步评
素(图 6B)。 估 Cox 模型 2 的准确性和区分度,Cox 模型 1 采用年
2.3 基于TCEAL7表达模型的构建与评价 龄、性别、TNM 分期,Cox 模型 3 采用年龄、性别、
单变量Cox回归分析显示,性别、T分期、淋巴结 TCEAL7 表达水平。如图 7D 所示,Cox 模型 2 中 1~
转移、年龄、TCEAL7 表达水平与 OS 显著相关(图 6 年 OS的AUC高于Cox模型1和3。此外,以模型1
7A)。基于多变量Cox回归分析的结果,建立预测胃 为对照,模型 2 中 1、3 年 OS 的连续净重分类改善指
癌 1 年、3 年和 5 年生存率的列线图(图 7B、C)。列 数(NRI)和风险评分中位改善评分(MIRS)以及3年
线图 C 指数为 0.677,Cox 模型 2 的 1 年、3 年、5 年 OS 的综合判别改善指数(IDI)显著高于模型 1(表