Page 61 - 《南京医科大学学报》2026年第1期

第46卷第1期 南京医科大学学报（自然科学版）
2026年1月 Journal of Nanjing Medical University（Natural Sciences） · 55 ·

·基础研究·

F9基因剪接位点共识区域中内含子突变造成的异常剪接模式

研究

马 金 ，沈 滟 ，沈国民 2，3* ，高 蒙 1，2*
1，2
1，2
河南科技大学基础医学与法医学院，河南 洛阳 471023；河南省血栓与止血国际联合实验室，河南 洛阳 471023；哈尔
1 2 3
滨医科大学细胞生物学教研室，黑龙江 哈尔滨 150081

［摘 要］ 目的：确定B型血友病致病基因F9的剪接位点共识序列，并筛选序列相关致病突变，以确定F9基因内含子中主要
剪接调控位点。方法：从凝血因子Ⅸ（coagulation factor Ⅸ，FⅨ）突变数据库（Factor Ⅸ Variant Database）中收集内含子突变，依
据F9基因剪接位点保守性分析筛选可能影响剪接的致病突变，重点关注患病人数多且致病效应强的突变位点所在区域，结合
3种RNA剪接预测软件对突变导致的剪接效应进行预测。之后，采用微型基因剪接检测体系，对所选突变的剪接效应进行体
外检测并通过变性毛细管电泳检测不同转录本所占比例，以明确各突变剪接效应的差异，进而确定F9基因剪接共识序列中影
响剪接的关键位点。针对具有蛋白编码能力的异常剪接体，构建体外表达体系，通过Western blot及活化部分凝血活酶时间综
合评估异常剪接体的胞内表达、胞外分泌及凝血活性状态。结果：序列与突变分析确定F9基因外显子4剪接位点附近的15个
突变为靶突变，微型基因剪接实验证实其中14个突变可导致异常剪接，对比软件预测结果，进一步证实计算机预测具有局限
性，不能准确预测具体剪接模式及其比例。证实了内含子上经典位点GT⁃AG的保守性，同时发现供体端+5G同样有利于剪接
位点的正确识别，而相对保守的+7A则未对剪接位点识别产生重要作用，此外，模拟经典“AG”序列的深层内含子突变会造成
剪接识别错位，显著提高异常剪接比例。蛋白表达与活性分析结果显示，p.D93⁃G125delinsG和p.G94⁃D131del两种异常剪接突
变体的抗原合成及活性状态与野生型相比差异均有统计学意义（P < 0.01）。结论：GT⁃AG是影响剪接调控的主要位点，F9基
因内含子4剪接供体端非保守位点的+5G同样对剪接有调控作用。对不同突变造成剪接调控模式差异进行总结分析，可为大
数据分析提供理论依据，并提高生物信息学预测的准确性。
［关键词］ F9基因；内含子突变；剪接异常；B型血友病；致病机制
［中图分类号］ R554.1 ［文献标志码］ A ［文章编号］ 1007⁃4368（2026）01⁃55⁃13
doi：10.7655/NYDXBNSN250277

Mechanistic dissection of aberrant splicing patterns induced by intronic variants in
consensus regions of the F9 gene splice sites

1，2
1，2
MA Jin ，SHEN Yan ，SHEN Guomin 2，3* ，GAO Meng 1，2*
1 College of Basic Medicine and Forensic Medicine，Henan University of Science and Technology，Luoyang 471023；
3
2 Henan International Joint Laboratory of Thrombosis and Hemostasis，Luoyang 471023；Department of Cell Biology，
Harbin Medical University，Harbin 150081，China

［Abstract］ Objective：To identify key splicing regulatory sites within introns of the F9 gene（the causative gene for hemophilia B）
through the characterization of splice site consensus motifs and systematic screening for pathogenic variants in these regions. Methods：
Based on the variations documented in the Factor Ⅸ Variant Database，we primarily focused on intronic variations that may influence
pre⁃mRNA splicing. These variations were filtered through a comparative analysis based on sequence conservation and were associated
with the severity of the disease. Variations located within highly conserved loci that were linked to severe hemophilia were selected as
target variations and subjected to subsequent splicing predictions using three independent tools separately. The prediction results were

［基金项目］ 国家自然科学基金（31900412，82170133）
∗
通信作者（Corresponding author），E⁃mail：mengmengg1988@ 126. com（ORCID：0000⁃0002⁃8792⁃1093）；shenba433@ 163. com
（ORCID：0000⁃0002⁃5006⁃2790）