Page 69 - 《南京医科大学学报》2026年第1期

第46卷第1期 马 金，沈 滟，沈国民，等. F9基因剪接位点共识区域中内含子突变造成的异常剪接模式
2026年1月 研究［J］. 南京医科大学学报（自然科学版），2026，46（1）：55-67 · 63 ·

现生物信息学软件能从一定程度上反映突变对剪 研究在 Sanger 测序基础上，采用荧光标记引物结合
接的影响，但是不同算法的结果跟实际情况仍存 变性毛细管电泳技术进行高灵敏度检测。每个样
有一定偏差，说明这些预测软件在实际运用中有 本均进行 3 次独立重复实验以确保结果的可靠性。
局限性。 毛细管电泳结果证实 Sanger 测序的发现，且未检测
另外，通过分析 3 种异常剪接转录本及两种移 到其他异常产物峰。定量分析显示，WT 样本中存
码突变对蛋白编码和结构域的影响（图 4B、C），发 在少量（3.82%）外显子4跳跃的异常剪接转录本，提
现：①外显子 4 跳跃导致 FⅨ蛋白缺失 38 个氨基酸 示该位点可能存在基础水平的异常剪接。值得注
（EGF1 结构域缺失 37 个氨基酸，EGF2 结构域缺失 意的是，c.391+7A>G突变的剪接模式与WT相似，进
1 个氨基酸）；②外显子 4 供体端缺失 96 nt 导致 一步证实该突变不影响pre⁃mRNA的正常加工。相
EGF1 结构域缺失 32 个氨基酸，并使 93 位氨基酸发 比 之 下 ，受 体 端 突 变（c.278⁃1G>T、c.278⁃1G>C、
生替换；③内含子3受体端保留2 nt在EGF1结构域 c.278⁃1G>A、c.278⁃2A>T）和供体端突变（c.391+1G>T、
引入提前终止密码子，导致蛋白质截短。特别值得 c.391+1G>A、c.391+1G>C、c.391+2T>A、c.391+2T>C、
注意的是，c.391delG和c.391+1insT突变具有双重剪 c.391+5G>A 和 c.391+5delG）导致异常剪接的比例
接模式，提示其致病机制可能涉及多种因素。这些 高达 100%（表 5）。c.278⁃3A>G 突变通过模拟新的
发现强调了定量分析不同转录本比例对阐明致病 保守序列，导致 97.4%的转录本受体端保留 2 nt 的
机制的重要性。 内含子3。对于c.391delG和c.391+1insT突变，分别
2.5 变性毛细管电泳定量分析异常剪接转录本比例 检测到35.80%和17.73%的移码突变转录本，其余均
为精确量化各突变诱导的不同转录本比例，本 为外显子4跳跃（表5、图5）。这些发现不仅证实了

A c.278 c.391 C Exon 3 Exon 4 Exon 5 Intron 3
SD Exon 4 SA c.278
WT splicing c.253 ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGATGGAGATCAGTGTGAGTCCAATCCATGTTTA
85aa T E F W K Q Y V D G D Q C E S N P C L
WT coding sequence AATGGCGGCAGTTGCAAGGATGACATTAATTCCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGA
Exon 4 N G G S C K D D I N S Y E C W C P F G
SD skipping SA TTTGAAGGAAAGAACTGTGAATTAGATGTAACATGTAACATTAAGAATGGCAGA··· c.420
F E G K N C E L D V T C N I K N G R .
c.391
Exon 4 skipping Exon 4 skipping ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGATGTAACATGTAACATTAAGAATGGCAGA···
T E F W K Q Y V D V T C N I K N G R
96 nt del
SD of exon 4 SA ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGGAAAGAACTGTGAATTAGATGTAACATGT
Deletion 96 nt T E F W K Q Y V G K N C E L D V T C
AACATTAAGAATGGCAGA···
96 nt deletion of exon 4
N E K N G R
Pscudocxon ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGAGATGGAGATCAGTGTGAGTCCAATCCATGTT
2 nt ins of T E F W K Q Y V E M E I S V S P I H V
SD intron 3 Exon 4 SA Insert 2 nt TAAATGGCGGCAGTTGCAAGGATGACATTAATTCCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTG
*
GATGGTAAGGAAAGAACTGTGAATTAGATGTAACATGTAACATTAAGAATGGCAGA·
2 nt retention of intron 3
ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGATGGAGATCAGTGTGAGTCCAATCCATGTTTA
B c.391delG T E F W K Q Y V D G D Q C E S N P C L
81 91 101 111 121 131 AATGGCGGCAGTTGCAAGGATGACATTAATTCCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGA
N G G S C K D D I N S Y E C W C P F G
WT TERTTEFWKQ YVDGDQCESN PCLNGGSCKD DINSYECWCP FGFEGKNCEL DVTCNIKNGR
TTTGAAGGAAAGAACTGTGAATTAATGTAACATGTAACATTAAGAATGGCAGA···
Exon 4 skipping F E G K N C E L M *
TERTTEFWKQ YVD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . VTCNIKNGR
p.G94_D131del
Deletion 96 nt
TERTTEFWKQ YV G. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . KNCEL DV TCNIKNGR
p.D93_G125delinsG ACTGAATTTTGGAAGCAGTATGTTGATGGAGATCAGTGTGAGTCCAATCCATGTTTA
Insert 2 nt T E F W K Q Y V D G D Q C E S N P C L
TERTTEFWKQ YV EMEISVSP IHV * c.391+1insT AATGGCGGCAGTTGCAAGGATGACATTAATTCCTATGAATGTTGGTGTCCCTTTGGA
p.D93EfsTer12
N G G S C K D D I N S Y E C W C P F G
c.391delG *
TERTTEFWKQ YVDGDQCESN PCLNGGSCKD DINSYECWCP FGFEGKNCEL M TTTGAAGGAAAGAACTGTGAATTAGTATGTAACATGTAACATTAAGAATGGCAGA··
p.D131MfsTer2
c.391+insT * F E G K N C E L V C N M *
p.D131VfsTer5 TERTTEFWKQ YVDGDQCESN PCLNGGSCKD DINSYECWEP FGFEGKNCEL VCNM
Gla EGF1 EGF2
A：Comparison of wild⁃type splicing patterns with three aberrant splicing transcripts. B：Impact of aberrant splicing transcripts on protein⁃coding.
C：Damage to protein functional domains by coding sequence changes.
图4 异常剪接转录本的检测和编码能力分析
Figure 4 Detection and coding ability analysis of abnormal splicing transcripts