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第41卷第10期 陈红全,王建瑛. 利用可诱导表达Cas9的HeLa细胞系进行顺铂耐药性基因筛选[J].
2021年10月 南京医科大学学报(自然科学版),2021,41(10):1432-1439,1452 ·1437 ·
A B 15 D hrGFP Merge
NLS⁃Flag⁃Cas9⁃NLS
NLS⁃Flag⁃Cas9 NLS⁃Flag⁃Cas9⁃NP ( % ) 10
Cas9⁃NLS
(bp) Cas9⁃SP Ctrl
2 000- 切割效率 5
1 000- -Dox
750-
500-
0
250-
NLS⁃Flag⁃Cas9
NLS⁃Flag⁃Cas9⁃NP
NLS⁃Flag⁃Cas9⁃NLS
100- Cas9⁃NLS Cas9⁃SP
C
NLS⁃Flag⁃ IRES⁃
3LTR TRE pA pA BleoR Sv40 Pro 5LTR +Dox
Cas9⁃NLS hrGFP
IRES⁃
3LTR TRE Cas9⁃NLS pA pA BleoR Sv40 Pro 5LTR
hrGFP
E
Flag hrGFP Hoechst Merge
A:不同版本Cas9在RAG1基因上的切割效率;B:对A图的光密度定量分析,数据以平均值±标准差呈现(n=3),组间差异无统计学意义;
C:载体构建示意图;D:HEK293T细胞中,转座子载体在Dox诱导下的GFP表达情况(×200),标尺:100 μm;E:PFA固定过的HEK293T细胞中,
Cas9和GFP的表达情况(×1 800),标尺:10 μm。
图1 可诱导表达Cas9载体的构建和验证
Figure 1 Construction and verification of inducible Cas9 expression vector
A (bp) B
2 000- GCTTTGGTGTCTGCTTTGATGGACATGGAAGAA (ref)
1 000- 1A 1G 2B 3G 5H 8E 10A GCTTTGGTGTCTGCTTTGATGGACATGGAAGAA (WT,x2)
750- GCTTTGGTGTCTGCTTTGATG∶ACATGGAAGAA (-1,x6)
500- GCTTTGGTGTCTGCTTTGAT∶∶ACATGGAAGAA (-2)
GCTTTGGTGTCTGCTTTGA∶∶∶ACATGGAAGAA (-3)
250- GCTTTGGTGTCTGCTTTGA∶∶∶∶CATGGAAGAA (-4)
GCTTTGGTGTCTGCTTT∶∶t∶∶ACATGGAAGAA (-5,+1)
100- GCTTTGGTGTCTGCTTTGATG∶∶∶∶∶∶GAAGAA (-6)
GCTTTGGTGTCTGCTTTG∶∶∶∶∶∶ATGGAAGAA (-6)
GCTTTGG∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶GACATGGAAGAA (-14)
G∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶∶GAA (-29)
GCTTTGGTGTCTGCTTTGATG∶∶CATGGAAGAA (-2,+11)
tttgcttcttc
C D
Esp3l (bp) ERb ERRa ERRb ERRg
2 000-
ACCGgGAGACG CGTCTCcTAAATTCT
U6 ccdB R1 R2 Ctrl R1 R2 Ctrl R1 R2 Ctrl R1 R2 Ctrl
TGGCcCTCTGC GCAGAGgATTTAAGA 1 000-
750-
Esp3l
500-
Esp3l
250-
atgCGTCTCaTAAA TAAAcGAGACGgtg
19N sgRNA backbone
tacGCAGAGtATTT ATTTgCTCTGCcac
100-
Esp3l
A:7株单克隆细胞在RAG1基因上的切割效率;B:8E克隆中,RAG1⁃sgRNA切割效果的TA克隆测序结果。PAM(protospacer adjacent mo⁃
tif)序列用绿色加下划线表示;sgRNA作用靶点用红色表示;突变处用蓝色加小写字母表示;-代表碱基缺失,+代表碱基插入;×n代表TA克隆
数;C:高通量构建sgRNA载体示意图,箭型代表Esp3Ⅰ内切酶的识别位点,蓝色虚线代表内切酶切割位点,19N代表sgRNA识别位点;D:针对
每个基因设计2条sgRNA,共同电转8E细胞株,PCR扩增之后可以检测到片段缺失,R1和R2代表重复2次。
图2 可诱导表达Cas9的稳定细胞系的构建和验证
Figure 2 Generation and verification of a stable HeLa cell line with inducible expression of Cas9