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南京医科大学学报（自然科学版） 第41卷第3期
·424 · Journal of Nanjing Medical University（Natural Sciences） 2021年3月

·临床研究·

CNV⁃seq技术在自然流产遗传学诊断中的应用

倪 蓉，梁 健，赵 超，吕述彦
淮安市第一人民医院生殖健康与不孕症科，江苏 淮安 223300

［摘 要］ 目的：探讨低深度全基因组拷贝数变异测序（copy number variation sequencing，CNV⁃seq）技术在流产物遗传学分析
及诊断中的应用。方法：收集2016年1月—2018年12月在淮安市第一人民医院就诊的流产组织样本112例，采用二代测序技
术对流产物样本进行全基因组测序，利用生物信息学方法分析流产样本可能存在的染色体异常。结果：①在112例流产样本
中，染色体结果异常共56例（50.0%，56/112），出现异常信号频率高的分别是16三体（27.1%）、45，X（24.3%）、13三体（10.8%）、
18 三体（10.8%）。在 56 例染色体异常结果中，染色体数目异常 37 例（66.1%），染色体结构异常 12 例（21.4%），嵌合体 7 例
（12.5%）。在12例染色体结构异常中，共发现24个基因组拷贝数变异（copy number variation，CNV），最小片段长度0.24 Mb，最
大片段58.90 Mb。在检测出的24个CNV中，18个CNV有临床意义。其中2个包含微缺失/微重复综合征。②患者年龄≥35岁
发生染色体异常导致的流产者占63.2%，年龄＜35岁发生染色体异常导致的流产者占47.3%，≥35岁组的异常率比＜35岁组高
15.9%。结论：CNV⁃seq技术不但能够高效检测出非整倍体和嵌合体，还能高效检测出小片段的缺失和重复，大大提高了染色
体异常的检出率，可为流产病因分析及夫妻双方再次生育提供更有价值的信息。
［关键词］ CNV⁃seq；自然流产；染色体核型分析
［中图分类号］ R714.5 ［文献标志码］ A ［文章编号］ 1007⁃4368（2021）03⁃424⁃04
doi：10.7655/NYDXBNS20210321

［1］
自然流产是怀孕最常见的并发症 ，在临床妊 并签署知情同意书。孕妇年龄 20~45 岁，根据孕妇
［2-3］
娠中自然流产占10%~20% ，流行病学证据表明， 年龄分为≥35 岁和＜35 岁组。对于流产物染色体
［4］
遗传因素在流产的发病机制中起着重要作用 。研 异常患者，征求夫妻双方同意行外周血染色体核型
究表明，50%~60%孕早期流产是由胚胎染色体异常 检测。本研究经医院伦理委员会批准。
引起，且孕中期妊娠流产中仍有30% 是由胚胎染色 1.2 方法
体异常引起 ［5-6］ 。近年来，随着二代测序技术的发 1.2.1 样本采集及DNA提取
展，其在检测流产组织的非整倍体和拷贝数变异中 留取清宫术后绒毛组织，经无菌生理盐水冲洗至
具有非常高的灵敏度和特异度 ［7-8］ ，为流产物的检测 无血水后，将组织样本剪碎，选取3~5 mg放置离心管
提供了一种快捷、准确、高成功率的检测手段。本 内，加入180 μL Buffer ATL及20 μL Proteinase K，旋
研究以低深度全基因组拷贝数变异测序（copy num⁃ 涡混匀，放入56 ℃水浴锅中消化过夜。采用天根DNA
ber variation sequencing，CNV⁃seq）技术对 112 例流 提取试剂盒提取全基因组DNA，终浓度20 ng/μL。
产物样本进行检测，对部分流产物结果异常的父母 1.2.2 高通量测序分析

双方行外周血染色体核型分析检测，以探讨 CNV⁃ DNA 文库构建及荧光定量 PCR 分析后，用
seq 技术在胚胎组织遗传学诊断中的应用价值，以 NextSeq CN500机器对样品DNA 进行全基因组测序
期为夫妻双方再次生育提供遗传风险评估和指导。 （0.1X），测序数据与已知人类参考基因组（hg19）序
列比较分析，得到匹配序列，计算待测样本的拷贝
1 对象和方法
数，根据检测值判断对应染色体检测区域的检测结
1.1 对象 果。将样本检测发现的基因组拷贝数变异（copy
选取 2016 年 1 月—2018 年 12 月在淮安市第一 number variation，CNV）与人类染色体变异数据库
人民医院就诊的自然流产患者 112 例，对其流产物 （database of chromosomal imbalance and phenotype in
进行全基因组测序，检测均获患者及家属知情同意 humans using ensemble resources，DECIPHER）、基因