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第41卷第3期 杨彩霞,陆 超. CHD4基因表达对急性T淋巴细胞白血病细胞增殖和凋亡的影响及其启动子鉴定[J].
2021年3月 南京医科大学学报(自然科学版),2021,41(03):331-338 ·333 ·
后收集,95%乙醇4 ℃固定过夜,PBS洗涤3次,PI染 下进行双酶切1 h,酶切产物用切胶回收纯化试剂盒
色,37 ℃水浴30 min,流式细胞仪检测。 纯化,纯化产物用T4 DNA连接酶在37 ℃水浴中连接
1.2.3 CCK⁃8增殖分析 30 min。将连接产物转化至大肠杆菌DH5α中,转化
将 Jurkat 细胞以 4×10 个/孔铺于 96 孔板,每组 条件为4 ℃ 3 min,42 ℃水浴1 min 20 s,4 ℃ 30 min。
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5 个复孔,加 10 μL CCK⁃8 试剂,在 5%CO2、37 ℃条 取转化好的菌液加入1 mL不含氨苄青霉素的LB培
件下孵育2 h后用酶标仪测量每个孔在450 nm波长 养液,置于37 ℃摇床倒置扩增1 h,将扩增好的菌液
下的吸光度值,相同条件下连续测量4 d。 涂于含有氨苄青霉素的固体 LB 培养板,于 37 ℃、
1.2.4 CHD4基因候选启动子区生物信息学分析及 5%CO2培养箱中倒置培养过夜。在长出菌落的 LB
克隆 板上挑取单克隆菌落,加入含有氨苄青霉素的LB培
CHD4 基因候选启动子区生物信息学分析:从 养液中,37 ℃摇床倒置扩增3 h,以扩增后的菌液为
NCBI 数 据 库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/) 模板进行 PCR 扩增,PCR 反应条件同前。用 1%琼
GenBank 中获取人 CHD4 基 因 序 列(编 号:NC_ 脂糖凝胶对 PCR 产物电泳 30 min,选取阳性菌液进
000012.12)。 利 用 UCSC 网 站(http://genome.ucsc. 行测序,将经测序鉴定正确的菌液加入含氨苄青霉
edu/)进行对比,取转录起始位点上游2 000 bp,下游 素的 LB 培养液中于 37 ℃摇床扩增过夜,扩增后的
100 bp 通 过 Neural Network Promoter Prediction 菌液用质粒提取试剂盒提取含有目的片段的质粒
(http://fruitfly.org/cgi bin/seq_tools/promoter.pl)进 行 标记为P1(pGL⁃1974/+117)。以构建成功的质粒序
预测;再使用JASPAR(jaspar.genereg.net/)数据库5.0 列为模板,共用同一下游引物,上游引物分别为
版对CHD4基因核心启动子的转录因子结合位点进 P2~P5 进行 PCR,构建 CHD4 基因候选启动子区 5′
行预测。 侧翼区截短序列质粒,方法同上。
引物设计:以预测的 CHD4 基因候选启动子序 1.2.5 基因敲低分析
列为模板,用Prime5.0设计引物,再对该区域5′侧翼 双链siRNA的设计与合成由广州锐博生物科技
区截短序列设计引物。上下游引物 5′端分别加入 有限公司完成,siRNA 序列和阴性对照序列如下:
限制性内切酶 KpnⅠ和 BglⅡ的酶切位点及保护碱 siRNA⁃CHD4:5′⁃GCATGTCCTTACTAGAATT⁃3′(正
基。共用下游引物:5′⁃GGAAGATCTGAGGGGC⁃ 义链),5′⁃TAATTCTAGTAAGGACATGC⁃ 3′(反义
GTCTCTTTG⁃3′。上游引物分别是 P1(pGL⁃1974/ 链);siRNA⁃NF⁃κB:5′⁃GCACCTAGCTGCCAAAGAA⁃
+117):5′⁃CGGGGTACCAGTATCATCTTCCAGCCTC⁃ 3′(正义链),5′⁃TTCTTTGGCAGCTAGGTGC⁃3′(反义
TAGA⁃3′;P2(pGL⁃918/+117):5′⁃CGGGGTACCTGT⁃ 链);阴性对照:5′⁃UUCUCCGAACGUGUCACGUTT⁃
GGGGCGACAGTAGGG⁃3′;P3(pGL⁃428/+117):5′⁃ 3′(正义链),5′⁃ACGUGACACGUUCGGAGAATT⁃3′
CGGGGTACCAGGGTTAGTTGCAAAAGGTCTG ⁃ 3′ ; (反义链)。
P4(pGL⁃233/+117):5′⁃CGGGGTACCTGCCCAGGT⁃ 1.2.6 瞬时转染
5
GACGCGCGCGC⁃3′;P5(pGL⁃13/+117):5′⁃CGGGG⁃ Jurkat 细胞以 2×10 个/孔铺 12 孔板,12 h 后以
TACCGCCGGAGCCATTTTCCCC⁃3′(下划线部分为 500 ng/mL siRNA或表达质粒转染细胞,转染24 h后
限制性酶切位点,斜体部分为保护碱基)。引物合 收取RNA,48 h后收取蛋白质。启动子双荧光素酶
成由上海英骏公司完成。 检测,转染前18 h将生长状态良好的细胞置于96孔
Jurkat细胞全基因组DNA提取:Jurkat细胞全基 板(1×10 个/孔),使用Lipofectamine 3000将100 ng
4
TM
因组DNA 提取按照基因组DNA 提取试剂盒的说明 CHD4 启动子荧光素酶报告质粒和 4 ng pRL⁃TK 质
书操作。 粒共同转染细胞。18 h后采用双荧光素酶报告基因
质粒构建:以Jurkat细胞全基因组DNA为模板, 检测系统检测启动子活性。
根据 TaKaRa LA TaqandGC buffer 催化酶说明书条 1.2.7 免疫印迹法(Western blot)
件进行催化扩增,条件如下:94 ℃ 1 min;94 ℃ 30 s, 用 8%~12%的 SDS⁃PAGE 电泳分离总蛋白,在
60 ℃ 30 s,72 ℃ 2 min,30个循环。用1%的琼脂糖 转移缓冲液中将样品电转移到PVDF(聚偏氟乙烯)
凝胶对扩增产物进行电泳检测。切胶回收试剂盒 膜上。用 5%脱脂牛奶在室温下封闭 PVDF 膜 2 h,
回收琼脂糖电泳产物。回收产物与 pGL3⁃Basic 载 CHD4、GAPDH、NF⁃κB 抗体在摇床上孵育目的条带
体均用限制性内切酶KpnⅠ、BglⅡ在37 ℃水浴条件 4 ℃过夜。TBST缓冲液充分洗涤条带3次,将这些条