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第44卷第2期 王 翔,徐煜皓,孙 宇,等. 儿童急性淋巴细胞白血病的代谢组学及外显子组学研究[J].
2024年2月 南京医科大学学报(自然科学版),2024,44(2):197-204,234 ·203 ·
表4 变异类型数量统计 GCNT4、B3GNT4、GALNT12、GALNT15、GALNT5(图
Table 4 Statistics of the number of variant types for ALL 6B),可能为ALL的关键基因。
and control groups (n)
3 讨 论
ID SNP InDel
ALL1 28 047 1 608
ALL 是一种罕见的恶性血液病,儿童的发病率
ALL2 27 340 1 619
远高于成人,临床上ALL表现为骨髓、外周血、淋巴
ALL3 27 600 1 558
和非淋巴组织中恶性、未成熟的淋巴母细胞增殖和聚
ALL4 27 726 1 528
集,未经治疗的ALL患儿会在几个月内死亡 。本研
[6]
control 1 28 475 1 603
究是基于LC⁃MS对ALL患儿的血液进行研究,找到
control 2 27 816 1 528
control 3 27 655 1 538 ALL 患者血清代谢物的改变,寻找与 ALL 相关的潜
control 4 27 621 1 628 在代谢生物标志物以指导临床。新陈代谢改变越
来越被认为是癌症的一个重要表现,因此是识别治
突变不具备致病性,故需要进一步筛选与疾病相关 疗靶点或标志物的潜在研究领域 。目前对白血病
[7]
性更强的变异。根据保留满足 ALL 组两位及两位 的治疗虽然已经取得了很大进展,但是很多患儿仍
以上受试者共有并且未在健康对照组中出现的突 然达不到预期效果,甚至达不到缓解状态。近年血
变位点,8 位受试者共保留 SNP 位点 957 个,其中 浆代谢方向在白血病中的研究颇多,文献报道血浆
479 个为非同义突变,对应基因 334 个;InDel 位点 代谢组学检测诱导治疗后的 ALL 患者脂质代谢发
[8]
37个,对应28个基因。共有基因8个,分别是GOL⁃ 生了显著改变 。
GA8H、HOXB1、KIF20B、MUC16、MUC17、MUC4、 本研究发现相比对照组,ALL 组的差异代谢物
TNRC6A、ZNF283。对 354 个基因进行蛋白互作网 主要来源于氨基酸代谢、脂质代谢、三羧酸循环及
络分析(PPI)(图 6A)。然后利用 Cytoscape 软件中 核苷酸代谢等通路。氨基酸是蛋白质的基本组成
的“cytohubba"算法筛选出互作关系前10的基因,分 单位,具有重要的生理功能,一些氨基酸,如酪氨
别 为 MUC17、MUC12、MUC16、MUC4、B3GNT3、 酸、色氨酸、天冬氨酸、谷氨酰胺和甘氨酸分别是合
A B
CSGALNACT2
CHST12 GALNT12
HEATR2
DNAH11 KANK4 MCM8
L1TD1
KMT2C GINS3
TNRC6A ADAMTS9 ABCA4 GALNTL5
SHANK1
DLGAP4
TRAF5
BIRC3
ADAMTS7 ADAMTS14 MUC17 MUC4
CEP290
B3GNT4 B3GNT4 GCNT4
GALNTL5
ASPM
MUC16 MUC12
GCNT4 MUC16 TULP1
NDC80 NCAPG
MUC4
NOM1
RBM19 B3GNT3
KIF20B
MUC12
B3GNT3 MUC17
GALNT15
GALNT15
CCR5
PTAFR NEDD4 POLR1A
NVL
MMP7 CYP2C18
NID1
LILRA6 CCT3
GALNT12 TUBAL3
PRKACG MYOM2 COL16A1
HLA⁃A UGT1A3
HLA⁃F
PM20D1
SLC17A3 COL22A1
PLOD1
SMO
TTN
SYNE2 TAPBP
SUN1 MYH2
PLEC SETD8
CDON
ZBTB22
CDH15
图6 差异基因的蛋白互作网络(A)和子网络图(B)
Figure 6 Protein interaction networks(A)and subnetwork(B)diagrams of differential genes